Also Visa und Corona-Regeln sind erst einmal zwei völlig getrennte Dinge.
Als philippinischer Staatsbürger benötigt sie ein Visum. Punkt.
Dieses Visum muss sie vorher haben, sonst nimmt sie gar kein Flieger erst mit. Es gibt auch kein "Visa on Arrival" für philippinische Staatsbürger, das gibt es nur für bestimmte andere Nationalitäten.
Das Visum muss in den VAE beantragt werden, z.B. über die Fluggesellschaft oder ein Reisebüro oder einen lokalen Sponsor. Das Visum gibt es nicht in der Botschaft oder einem Konsulat. Wenn du willst, kannst du mir eine PN schicken für ein lokales Reisebüro in Dubai, dass alles für euch erledigt.
Die Regeln bezüglich Covid ändern sich ständig, wobei Abu Dhabi wesentlich strenger ist als Dubai, z.B. momentan mit nächtlicher Ausgangssperre. Deshalb würde ich dir raten, lieber nach Dubai zu reisen. Du kannst trotzdem über Abu Dhabi fliegen, um deinen Etihad-Status zu nutzen, Etihad hat einen Shuttlebus nach Dubai, damit seid ihr in Abu Dhabi quasi nur im Transit und die dortigen Einreisebestimmungen betreffen euch nicht.
Auf jeden Fall von Vorteil ist, wenn ihr beide vollständig geimpft seid.